Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawę prawną ochrony europejskiej fauny i flory stanowią dwa akty prawne:

• 79/409/EWG w sprawie ochrony dziko żyjących ptaków, zwanej Dyrektywą Ptasią, uchwalonej 2 kwietnia 1979 r., a zmodyfikowanej dyrektywami: 981/854/EWG, 85/411/EWG, 86/122/EWG, 91/244/EWG i 94/24/EWG;
• 92/43/EWG w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dziko żyjącej fauny i flory, zwanej Dyrektywą Siedliskową, uchwalonej 21 maja 1992 r., zmienionej dyrektywą 97/62/EWG.

Nadleśnictwo Janów Lubelski znajduje się w zasięgu jednego obszaru specjalnej ochrony ptaków oraz 2 specjalnych obszarów ochrony siedlisk.

Lasy Janowskie – PLB 060005

Obszar obejmuje rozległy i zwarty kompleks leśny, stanowiący północno-zachodnią część Puszczy Solskiej o powierzchni – 60 235,75 ha. W zasięgu terytorialnym obszaru znalazło się prawie całe nadleśnictwo - łączna powierzchnia obszaru Natura 2000 Lasy Janowskie na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo wynosi: 31 140,79 ha. Celem wyznaczenia obszaru była ochrona występujących ptaków oraz ich siedlisk bytowania.

Przeważa płaski teren, urozmaicony wzniesieniami wydmowymi, lekko nachylony w kierunku południowo-zachodnim; odwadniany przez szereg cieków, z których wiele ma tu swoje obszary źródliskowe (rzeki: Biała, Branew, Czartosowa, Rakowa oraz Bukowa i Sanna). Obszary bezodpływowe lub okresowo przepływowe zajęte są przez torfowiska wysokie lub przejściowe, z których część zamieniono jeszcze w ubiegłym stuleciu w stawy rybne. Wśród roślinności przeważają zbiorowiska leśne (80%), z czego 50% to siedliska borowe wilgotne.

Podczas inwentaryzacji w 2010 roku stwierdzono tu 29 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Rady 79/409/EWG, w tym 10 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. Obszar jest ostoją ptasią o randze europejskiej IBA (PL 109) ze względu na występowanie kluczowych gatunków: głuszca, bączka, bociana czarnego, lelka kozodoja. W ostoi obserwuje się ciągły spadek populacji głuszca, mimo podejmowanych prób ochrony tego gatunku ptaka. Z kolei liczebność bielika wzrosła, co zgodne jest z ogólnopolskim trendem wzrostu liczebności tego gatunku.

Uroczyska Lasów Janowskich – PLH 060031

Obszar mający znaczenie dla wspólnoty o powierzchni 34544,25 ha, w tym 19 631,70ha gruntów nadleśnictwa.

Obszar zajmuje zachodnią i centralną część Równiny Biłgorajskiej. Położony jest pomiędzy dolinami Wisły i Sanu na zachodzie, doliną Bukowej na południu i krawędzią Wyżyny Lubelskiej i Roztocza na północy, wschodnia granica sięga po Frampol. Zagłębienia bezodpływowe zajęte są w dużej mierze przez torfowiska lub przekształcone w ekstensywnie użytkowane stawy hodowlane (ponad 150 stawów). Główną formą użytkowania terenu jest gospodarka leśna.

Podstawowym celem ochrony w obszarze jest wilk - priorytetowy gatunek z Dyrektywy Siedliskowej. Jego populacja w obszarze stanowi istotną część lokalnej populacji Kotliny Sandomierskiej i Roztocza.

Lasy Janowskie to zwarty obszar leśny o dużym stopniu naturalności i małej gęstości zaludnienia, z fragmentami starych drzewostanów o charakterze puszczańskim. Głównymi walorami siedliskowymi są tu bory bagienne i torfowiska oraz bory jodłowe. Ponadto na uwagę zasługują łęgi olszowe wzdłuż licznych cieków, murawy napiaskowe i wrzosowiska zlokalizowane w zachodniej części obszaru (przede wszystkim na obszarze poligonów wojskowych) oraz śródleśne łąki.

W obszarze zidentyfikowanych zostało 22 rodzaje siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej, zajmujące w sumie 12% powierzchni obszaru.

Dolina Dolnego Sanu – PLH 180020

Obszar mający znaczenie dla wspólnoty o powierzchni 10 176,64 ha. Obejmuje najciekawsze i najbardziej cenne przyrodniczo fragmenty doliny dolnego Sanu na odcinku Leżajsk – ujście Sanu do Wisły.

Celem ochrony w obszarze jest zachowanie mozaiki siedliskowej charakterystycznej dla większych dolin rzecznych. Zidentyfikowano tu łącznie 16 typów siedlisk z I Załącznika Dyrektywy Siedliskowej.

Na terenie obszaru brak gruntów zarządzanych przez nadleśnictwo. W zasięgu terytorialnym, w południowo zachodniej części nadleśnictwa, znalazło się 795,93ha pow. obszaru.

(Źródło pochodzenia informacji: SDF Natura 2000)