W lasach występuje wiele gatunków zwierząt chronionych, jednak niektóre z nich są na tyle rzadkie i cenne, że miejsca ich rozrodu i stałego przebywania objęte są ochroną obszarową w postaci stref ochronnych. Takie miejsca znajdziemy również w Lasach Janowskich.

Na terenie naszego nadleśnictwa wyznaczono łącznie 17 stref ochronnych dla ptaków chronionych o łącznej powierzchni 2213,57ha. Spośród gatunków tu występujących ochronie strefowej podlegają bielik (4 strefy), bocian czarny (10 stref), głuszec (2 strefy) i orlik krzykliwy (1 strefa). Na szczególną uwagę zasługuje głuszec - gatunek objęty ścisłą ochroną prawną od 1995 r. i wpisany do „Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt" z oznaczeniem CR-gatunek skrajnie zagrożony. Ideą ochrony strefowej jest zabezpieczenie miejsc gniazdowych i zagwarantowanie najrzadszym ptakom spokoju podczas trwania sezonu lęgowego. W większości przypadków wyznacza się dwie strefy - strefę ochrony całorocznej (tzw. ścisłej) oraz  strefę ochrony okresowej (tzw. częściowej). Pierwsza to obszar z gniazdem (lub gniazdami) w części centralnej, chroniący najbliższe otoczenie przez cały rok. Strefa funkcjonuje na zasadach rezerwatu ścisłego, bez możliwości wstępu bez zezwolenia i wprowadzania jakichkolwiek zmian w otoczeniu. Wokół strefy całorocznej wytycza się dodatkowy obszar nazywany strefą okresową – zakazy obowiązują w niej tylko w okresie lęgowym. Czas obowiązywania strefy okresowej jest ściśle ustalony w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 7 października 2014 roku w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt. W tym krótkim dokumencie ustalone są okresy ochronne dla każdego z wymienionych wyżej gatunków.

W Polsce strefy ochronne tworzone są niemal wyłącznie w Lasach Państwowych. Zgodnie z Ustawą o ochronie przyrody w strefach ochronnych bez zezwolenia regionalnego dyrektora ochrony środowiska zabrania się:

1) przebywania osób, z wyjątkiem właściciela nieruchomości objętej strefą ochrony oraz osób sprawujących zarząd i nadzór nad obszarami objętymi strefą ochrony, oraz osób wykonujących prace na podstawie umowy zawartej z właścicielem lub zarządcą;

2) wycinania drzew lub krzewów;

3) dokonywania zmian stosunków wodnych, jeżeli nie jest to związane z potrzebą ochrony poszczególnych gatunków;

4) wznoszenia obiektów, urządzeń i instalacji.

Jeśli na trasie naszej wędrówki napotkamy informację o ostoi zwierzyny lub zostaniemy o tym poinformowani przez pracownika służb leśnych opuśćmy to miejsce. Pamiętajmy, że gatunki strefowe możemy zaobserwować poza miejscami rozrodu, gdzie bez niepokojenia będziemy mogli nacieszyć się ich widokiem. O znalezieniu gniazda należy natomiast poinformować zarządcę terenu (najczęściej nadleśnictwo) oraz Regionalną Dyrekcję Ochrony Środowiska. Zarządca terenu jest zobowiązany chronić gniazdo od chwili jego zgłoszenia.

Ochrona gatunkowa to nie tylko zwierzęta. Na gruntach Nadleśnictwa Janów Lubelski stwierdzono obecność  blisko 60 gatunków roślin naczyniowych objętych ochroną prawną. Większość roślin prawnie chronionych objętych jest ochroną ścisłą. Niektóre rośliny, zwłaszcza będące surowcem do produkcji leków, objęte są ochroną częściową. Ich zbiór ze stanowisk naturalnych może się odbywać tylko po uzyskaniu stosownych zezwoleń. Lista rodzimych gatunków wymagających ochrony jest co jakiś czas aktualizowana i ogłaszana przez Ministra Środowiska. Oto niektóre z nich jakie można spotkać w naszych lasach: widłak jałowcowaty, goździsty i spłaszczony, bagno zwyczajne, rosiczki, lilia złotogłów, pióropusznik strusi, kosaciec syberyjski, storczyki i wiele innych.

Miejsca gdzie rosną rośliny chronione są na bieżąco inwentaryzowane przez leśników. Nowo znalezione stanowiska są na stałe wpisywane w program ochrony przyrody nadleśnictwa. Ma to dalej wpływ na przyszłe zagospodarowanie tego fragmentu lasu  - prace leśne planowane są w taki sposób, aby omijać i zabezpieczać te miejsca.